在《火影忍者：忍者新世代》里，暗部组织是一个集“单人追击叛忍、多人组队副本”的玩法，不仅需要根据自己的战力，选择难度适中的任务，还需要根据自己所拥有的忍者，合理搭配出适合在该玩法里所使用的阵容，快加入进来一起战斗吧！ （二）档案：在活动期间会根据学员们自己的暗部等级，每日发放一份固定的酬劳，暗部头衔越高，在该玩法里的属性加成会越高，还会解锁相应的暗部秘技，让所有忍者学员大展身手，冲击更高的排名；（三）首领通缉：通过该玩法里获得的“暗部酬劳”，开启“首领通缉”任务，总计有12种难度，需要根据自身的战力和忍者情况，选择适宜的难度，与其他忍者学员一起组队挑战，挑战成功后，即可获得“暗部积分”和忍具锻造石的奖励，难度越高，获得的奖励越多。 一、暗部组织活动玩法简介：（一）暗部任务：需要根据自身的战力和忍者情况，接取适合自己的任务，接取任务后，去追击逃跑的叛忍，获得一定数量的“叛忍护额”，可用于提升自身的暗部头衔等级，在活动期间还会根据学员们自己的暗部等级，每日发放一份固定的酬劳，并且暗部等级越高，在该玩法里的属性加成就会越高，并且会解锁相应的暗部秘技，以便忍者学员们大展身手。
